Кобальт (Co) у ґрунтах міститься майже виключно у формі Co2+ і є доступною формую для рослин та мікроорганізмів. Більшість кобальту у ґрунтах адсорбується ґрунтовими оксидами та органічною речовиною, тоді як глинисті мінерали мають менший вплив на сорбцію даного мікроелементу. На біодоступність Co2+ і на його токсичність також впливають фізико-хімічні властивості ґрунтового середовища, такі як структура, органічна речовина, комплексоутворюючі сполуки та рН ґрунту, причому доступність збільшується зі зниженням рН. Це дозволяє рослинам збільшувати поглинання кобальту в діапазонах ґрунту з підвищеною кислотністю, таких як ризосфера. Крім того, на поглинання Co рослинами впливають такі фактори, як температура, умови освітлення та концентрації інших металів.
У мікроорганізмів, а саме прокаріотів, кобальт в основному пов'язаний з кориновим кільцем коферменту кобаламіну (тобто вітаміну В12), який необхідний для активності трьох основних класів ферментів: метіонінсинтази, метилмалоніл-КоА-мутази та В12-залежної відновлювальної дегалогенази. З них активність метіонінсинтази та метилмалоніл-КоА-мутази тісно пов'язана з циклом азоту, а саме з формування бульбочкових бактерій у бобових та подальшою фіксацією азоту Rhizobium та Bradyrhizobium spp. Наприклад, в дослідженнях закордонних вчених було виявлено, що кореневі бульбочки люпину вузьколистого, які росли в умовах дефіциту кобальту, мали знижений рівень метіоніну та меншу щільність бактероїдів порівняно з бульбочками, забезпеченими даним мікроелементом. Зменшення продукції метіоніну через інгібування метіонінсинтази призвело до зниження синтезу білка і, відповідно, до зменшення розмірів бактероїдів. Також в інших дослідження було визначено важливість кобальту у фіксації азоту, отримавши зменшення маси бульбочок, зниження накопичення азоту, концентрації бактеріоїдів, рівнів кобаламіну та легемоглобіну у люпину вузьколистого, вирощеного на ґрунтах з дефіцитом кобальту, порівняно з рослинами, де було додатково застосовано мікроелемент.